Vykdo vaiko teisių apsaugos funkciją, organizuoja neigiamos tėvų antivisuomeninio elgesio ir kitų institucijų įtakos vaikams prevenciją,;organizuoja atstovavimą vaikams ir jų teisių bei interesų gynimą, organizuoja vaikų (našlaičių), likusių be tėvų globą.
Centro paskirtis – pagal kompetenciją įgyvendinti valstybės politiką visuomenės sveikatos priežiūros ir vartotojų teisių apsaugos srityse, vertinti ir valdyti riziką žmonių sveikatai, susijusią su paslaugomis, gaminiais, aplinkos veiksniais ir užkrečiamosiomis ligomis.